L'ionisation MALDI (Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation) est un mode privilégié pour l'analyse de biomolécules. Il est relativement énergétique et préserve rarement les interactions non covalentes.
La solution d'analytes est mélangée à une solution de matrice, petite molécule organique capable de cristalliser en emprisonnant avec elle les analytes. L'échantillon introduit dans le spectromètre de masse est alors un dépôt sous forme solide : le MALDI est un mode d'analyse de surface.
La matrice est choisie en fonction de la classe moléculaire ciblée par l'analyse et de facteurs comme la solubilité respective des deux partenaires et le pH de travail.
Dans le spectromètre de masse, l'échantillon est irradié par un faisceau laser, à une longueur d'onde absorbée par la matrice (laser UV). En se désexcitant, la matrice est désorbée et passe en phase gazeuse, entraînant avec elle les molécules d'analyte. Des échanges complexes aboutissent à l'ionisation des analytes
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